Primeiramente, não se deve deixar a bateria descarregar por completo. Acredito que foi isso o que ocorreu.
É normal nesses casos o carregador não conseguir direcionar carga para a bateria.
Remova e recoloque a bateria no celular, então deixe-a carregar pelo carregador de tomada até a carga chegar em 100%.
*Utilize carregador e bateria originais para seu celular.
Se a bateria não estiver mesmo carregando, ou você procura uma assistência técnica e pede para um técnico dar carga diretamente na bateria (o chamado “choque na bateria”), ou então você compra uma bateria nova.